Michel Gautier

Enseignant-chercheur en microbiologie

Département Productions animales, agroalimentaire, nutrition (P3AN)

Unité pédagogique : Microbiologie
Unité de recherche : UMR STLO (Science & technologie du lait & de l'œuf)

Parcours

Responsable du laboratoire de microbiologie d'AGROCAMPUS OUEST
Directeur adjoint du département P3AN

Obtenu à l'université de Rennes 1, mon doctorat portait sur "l'amélioration de la résistance aux bactériophages des lactocoques par les techniques du génie génétique". Ce travail a été effectué dans le laboratoire de microbiologie dirigé par Alain et Marie-Christine CHOPIN, à l'époque un laboratoire INRA orienté sur la mise au point d'outils de biologie moléculaire permettant l'étude et l'amélioration génétique de lactococcus lactis.


Entré en tant qu'enseignant-chercheur à Agrocampus (alors l’ENSA) durant ce travail de thèse, je suis professeur dans ce même établissement depuis 1997.
Mes principales responsabilités sont la direction du laboratoire de microbiologie d'AGROCAMPUS OUEST depuis 2000, celle de la valorisation de la recherche à AGROCAMPUS OUEST depuis 2005 et la direction, depuis 2013 et en tant qu’adjoint, du département P3AN (Productions Animales, AgroAlimentaire et Nutrition)

Le laboratoire de microbiologie qui regroupe en moyenne 10 personnes, est chargé de l'enseignement de la microbiologie sur AGROCAMPUS OUEST.
Nous dispensons à ce titre un enseignement de microbiologie générale et des enseignements plus spécialisés : la biologie moléculaire appliquée aux bactéries, l'hygiène alimentaire, les fermentations microbiennes (aliments fermentés et production de molécules en fermenteur).

Nous organisons aussi de nombreuses sessions de formation continue : formation de base à la biologie moléculaire, la technique de PCR en temps réel, l'hygiène alimentaire. Chaque session a lieu une ou deux fois par an et est destinée aux professionnels de l'agroalimentaire (industriels, services vétérinaires) mais aussi aux chercheurs.

Ce laboratoire copilote également avec l’université de Rennes 1 le master MFA (Microbiologie Fondamentale et Appliquée).

Activités de recherche

Mes activités de recherche concernent la microbiologie des aliments. Pendant une quinzaine d'années, j'ai travaillé sur des bactéries utilisées en tant que levain dans l'industrie laitière et fromagère (lactococcus lactis, propionibacterium sp.). Mon travail portait essentiellement sur l'utilisation de la biologie moléculaire en vue d'identifier les micro-organismes ou de développer des outils génétiques permettant leur amélioration.
Depuis 10 ans, suite à la réorientation de certaines priorités de l'INRA, mon activité se porte sur l'étude des bactéries pathogènes des aliments, nous travaillons actuellement sur le comportement des bactéries pathogènes dans les ovoproduits. 
Ces activités sont menées en collaboration avec Florence Baron  et Sophie Jan, deux collègues microbiologistes.
Nos thèmes de recherche se déclinent actuellement en deux axes : le premier concerne l’étude de l’activité anti-microbienne du blanc d’œuf de poule. Le blanc d’œuf présente un large spectre d’activités bactériostatiques et bactéricides que nous souhaitons élucider. Les résultats de ces travaux devraient contribuer à la compréhension des interactions entre la matrice et les micro-organismes et des mécanismes fondamentaux de destruction des micro-organismes. Ils devraient permettre d’envisager une meilleure exploitation du pouvoir d’auto-défense du blanc d’œuf. Le second axe concerne la maîtrise et l’amélioration de l’hygiène des ovoproduits. Nous étudions l’influence des procédés technologiques et des pratiques d’élevage sur la flore des œufs et des ovoproduits. Le but est de proposer des moyens de maîtrise par le produit, le procédé ou l’amont.

Actuellement, nous concentrons nos efforts sur la maîtrise des bactéries du groupe Bacillus cereus dans cette filière puisque ces bactéries sporulées peuvent être à l’origine de problèmes sanitaires et/ou économiques. En effet, certaines souches de ce groupe produisent des toxines dans les aliments et/ou dans l’intestin, qui peuvent être à l’origine, respectivement, de vomissements ou de diarrhées. Elles présentent aussi un large spectre d’activités enzymatiques qui peuvent provoquer l’altération des ovoproduits, y compris à faible température dans le cas où des souches psychotrophes sont mises en jeu. Nous essayons donc d’acquérir des connaissances sur le niveau de contamination des œufs, les espèces rencontrées, leur capacité à germer, à se développer et à produire des toxines dans les ovoproduits à différentes températures. L’objectif est de proposer des moyens pertinents de contrôle, la maîtrise de ce risque étant un enjeu compétitif important pour les industriels producteurs d’ovoproduits.

Activités d’expertises et activités dans le secteur privé

J'ai été à l'origine d'une entreprise (GeneSystems) orientée sur le développement d’un appareil de PCR en temps réel utilisable en milieu industriel et permettant le dénombrement et l'identification des micro-organismes dans les environnements complexes (eau, aliment, etc.). A ce titre, j'ai appartenu au directoire de cette entreprise de la date de sa création (2000) jusqu’en 2004. J'ai ensuite accompagné son développement jusqu'à 2006. Fin 2008, GeneSystems (une vingtaine de salariés dont les ¾ sont scientifiques, ingénieurs ou doctorants), a été acquise par le groupe américain PALL. 

J'interviens aussi dans des expertises concernant les crédits impôts recherches. Mandaté par la DGER, j’expertise, à la demande du ministère des Finances, les dossiers de demande de crédit impôt recherche de plusieurs entreprises agroalimentaires.

Depuis 2009, une autre activité d'expertise, importante en termes de temps, est celle effectuée dans le groupe de travail  biotechnologie (OGM) de l'ANSES. Mes expertises portent essentiellement sur les microorganismes modifiés génétiquement et plus particulièrement sur les constructions génétiques.
Depuis 2012, je suis aussi expert dans le comité d’expertise BIORISK de l’ANSES où je mets à profit mes connaissances sur la sécurité sanitaire des aliments.
Enfin depuis 2011, je suis expert judiciaire probatoire à la cour d’appel de Rennes.

Productions

Mes productions sur ProdINRA